La experiencia laboral de Estefanía Cruz se ha centrado en la redacción y defensa de solicitudes de patentes en las diferentes oficinas de patentes tanto nacionales como internacionales, en el área de la química y la farmacología. También ha realizado labores de búsqueda de antecedentes en bases de datos comerciales de patentes y de literatura científica, informes de patentabilidad y de infracción.
Desde el año 2000 ha trabajado en diferentes agencias de propiedad industrial en Madrid, como consultor de patentes. En los años 2008 y 2009 gestionó la propiedad industrial de una empresa de biotecnología.